La época de paz del Japón feudal se ve amenazada por la ascendente carrera en el poder de Lord Naritsugu, el despiadado hermano del Shogun. Un oficial del shogunato, harto de sus excesos, pedirá secretamente al samurái Shinzaemon que reúna un grupo de hombres para asesinarle. Los 13 Asesinos de Miike son un remake del film homónimo dirigido por Eichi Kudo en 1963. El ascenso al poder del joven y sanguinario Lord Naritsugu supone una seria amenaza para la paz en el Japón feudal. Simplemente por ser el hermano de Shogun, Lord Naritsugu está por encima de la ley, y asesina y viola a su antojo. Afligido por la masacre perpetrada por el sádico Naritsugu, el oficial Sir Doi contacta secretamente con el samurái Shinzaemon Shimada para acabar con Naritsugu. El noble samurái, indignado por la crueldad de Naritsugu, acepta de buen grado la peligrosa misión. Para ello, reúne a un selecto grupo de samuráis, entre los que se encuentra su sobrino Shinrokuro y el devoto aprendiz Hirayama. Juntos,
