Entre las alegaciones recibidas por el Plan Especial de Ordenación de Infraestructuras del Tren del Sur destacan las que plantean la petición de suspensión de este proyecto por incumplimiento del Plan Insular de Ordenación del Territorio (PIOT), debido a que el planeamiento de la Isla propone la necesidad de elaborar un plan territorial especial del transporte colectivo, "que será el que estudiará las alternativas al transporte y establecerá los intercambiadores y canales que los unan".

Considerando que se trata del paso previo para determinar la necesidad que en materia de transporte tiene Tenerife, el PIOT también establece la confección de un documento de planificación para la implantación del transporte colectivo de tipo guiado, que sería el que estudiaría la posible implantación de los trenes.

En ese marco, en algunas de las alegaciones se pide claramente "dejar en suspenso la tramitación" de los trenes del Sur y del Norte porque lo que procede es definir un proyecto global de transporte en el que se justifique qué tipo es el necesario, tanto en cada una de esas comarcas como en el área metropolitana. A través de ese procedimiento, los reparos planteados al avance del proyecto están dirigidos, finalmente, a "evitar dispersar los medios personales, materiales y económicos en desarrollos que interfieran", ya que el objetivo final es "consolidar un sistema de transporte público eficaz".

A pesar de la decisión de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Superior de Justicia de Canarias (TSJC), el proyecto del tren del Sur sigue siendo objeto de alegaciones en las que se expresa la disconformidad con el mismo por entender que el Cabildo de Tenerife no es la administración competente en la materia, sino que corresponde a la Consejería de Infraestructuras, Transportes y Vivienda del Gobierno de Canarias la formulación y tramitación de la aprobación del Plan Especial de Ordenación de Infraestructuras del Tren del Sur.

Los intercambiadores

Otro problema que ha de afrontar el proyecto del tren del Sur, en función de las alegaciones presentadas, es el de los intercambiadores. Al respecto, se llega a plantear "que la forma, dimensión y ubicación del ámbito de actuación" de los que han sido licitados, "incluso de los trazados que confluyen en los mismos, difieren notablemente de la forma, dimensión y ubicación de los intercambiadores propuestos" en el proyecto aprobado definitivamente "y que recientemente ha sido anulado". De hecho, los reparos formulados inciden en que "la planificación de los intercambiadores ni siquiera compete al Plan Territorial Especial de Ordenación de Infraestructuras del Tren del Sur, sino al del Transporte Colectivo".

Tampoco se escapa de las alegaciones la ampliación del proyecto hasta Fonsalía, el ámbito de Guía de Isora en el que se proyecta el nuevo puerto comercial del Suroeste de la Isla.

El primer reparo que le ponen quienes alegaron es que parte de un diseño de trazado que no se ajusta al aprobado, afectando "muy sustancialmente" al Karting Club Las Américas, cuando se da la circunstancia de que el plan territorial del tren especifica que no resulta afectado.