Sam Fisher está de regreso, y esta vez no es para solucionar ningún problema personal. Estados Unidos se encuentra seriamente amenazado por un grupo terrorista conocido como los Ingenieros. Una serie de ataques perfectamente coordinados y ejecutados han logrado poner en jaque a la casa blanca, que debe replegar sus tropas de todos los países no aliados en los que tiene fuerza operativa. En caso de no producirse la retirada de tropas, el grupo terrorista continuará ejecutando los planes que se encuentran en la Lista Negra.