Francisco no ha esquivado el más controvertido de los asuntos que empañan su visita a Chile. "Conozco el dolor que ha significados los casos de abusos ocurridos a menores de edad", ha dicho. Durante una multitudinaria misa, ha apelado a pedir perdón. También se ha dirigido a los sacerdotes para reconocer el dolor de aquellos religiosos más entregados que "han vivido el daño que provoca la sospecha y el cuestionamiento".