Desde febrero de 2014 Juan Cotino ha tenido que acudir a los juzgados a dar explicaciones. Ahora el juez de la Audiencia Nacional José de la Mata sentará en el banquillo de los acusados al expresidente de las Cortes valencianas y consejero de Francisco Camps. Lo hace por las irregularidades cometidas en la organización del viaje del papa a Valencia en 2006, por las que se le acusa, en total, de nueve delitos.