Un día, mientras pasa las vacaciones de verano con su tía abuela, Mary sigue a unos gatos hasta un bosque cercano, donde se topa con unas flores con un extraño poder luminiscente. Estas acaban dando vida a una escoba, que lleva volando a Mary por encima de las nubes hasta la escuela de magia conocida como Endor College. La directora Madame Mumblechook asume que Mary es una nueva estudiante y la conduce hasta el campus de Endor College, donde acaba demostrando unas sorprendentes y prometedoras habilidades mágicas. Sin embargo, pronto descubre que en la escuela no todo es lo que parece, puesto que allí se llevan a cabo extraños experimentos.
