La economía sigue los principios generales de la ciencia, habiendo mejorado paulatinamente sus técnicas de recogida de datos y medición, consiguiendo crear bases de datos útiles para su investigación y aprovechado los avances informáticos, lo que ha permitido realizar mejores simulaciones y estudios. Pese a ello, hay sombras en el camino recorrido y nubes en el horizonte, derivadas tanto de la forma de actuar de las revistas de economía como de la propia economía. Estas revistas tienen un defecto de funcionamiento que consiste en que sus evaluadores son expertos en los temas económicos que evalúan, pero les suele faltar la visión de otras ciencias relacionadas que les den más realismo y profundidad a los estudios. Se producen de esta forma un conjunto de sesgos cognitivos como el de confirmación (investigar sólo lo que confirma preconcepciones), el del experimentador (creer y publicar datos que concuerdan con las expectativas de resultados y desechar el resto), el de punto ciego (no darse cuenta de los propios prejuicios cognitivos). Los sesgos cognitivos son comunes en nuestras vidas, pero si se mantienen también en el campo científico se obtienen resultados no deseables.

Algunos economistas consideran a la economía una ciencia "dura" similar a las ciencias naturales, incluyendo entre sus metodologías la verificabilidad y la observación de las preferencias y suelen considerar al resto de ciencias sociales, como la sociología o la psicología, como cualitativas o "blandas" y sin suficiente rigor científico. Pero lo cierto es que el conocimiento sobre el mundo natural es diferente al conocimiento sobre las personas, siendo este último más imperfecto o impreciso.

La economía y el comportamiento de las personas son complejos, por eso es necesario hacer hipótesis en los trabajos científicos de economía, creando modelos que ayuden a predecir el comportamiento económico y, por otro lado, esta ciencia ha ido sofisticando el uso de las matemáticas. Este problema de simplificar la realidad, suponiendo, por ejemplo, que los decisores son racionales, conduce a que la economía muchas veces se convierta en irrelevante. Cuando una ciencia aplica la metodología científica con rigor, pero basándose en hechos no realistas puede terminar siendo lo que Anderson, Herriot y Hodgkinson denominan una ciencia pedante. Esta irrelevancia de los modelos a veces conduce a creer que los mismos son más válidos que la propia realidad que pretenden explicar. Un adecuado uso de matemáticas, de estadística y de econometría no puede superar un modelo mal planteado o irreal en exceso. Con frecuencia ocurre que las técnicas estadísticas o econométricas más fiables son también las más simples pues no requieren muchos ajustes ni estandarización en los datos.

La economía es una ciencia que en múltiples casos tiene influencias políticas, y en muchas situaciones está sujeta a juicios de valor, como por ejemplo pensar que bajar los impuestos a los ricos aumenta la inversión global, algo que en general desmienten los datos.

Un pecado habitual en economía es autoconsiderarse demasiado importante. Se tiende a creer que el mercado es el único sistema de organizar la economía, lo que está muy lejos de ser verdad. El Nobel de Economía Herbert Simon calculó que en Estados Unidos sólo alrededor del 20% de la actividad económica se organiza a través del mercado. Están surgiendo nuevos sistemas de autoproducción (energía renovable doméstica, fabricación con impresoras 3D) y se está incrementando el intercambio de bienes y servicios al margen del mercado (música, libros digitales, películas, uso de vivienda en periodos concretos, uso de coches, conocimientos en general), caracterizándose por la casi nula intervención de las empresas y no sirviendo en ellos gran parte de los modelos económicos actuales.

La ciencia económica ha evolucionado debido a cambios en el conocimiento y en el entorno y por su propia evolución natural. Nació en el siglo XVIII con su idea de que la mano invisible del mercado conduce al equilibrio. Luego vino la idea de valor-trabajo de Marx y posteriormente la escuela neoclásica con su análisis marginalista, siguiéndola la escuela keynesiana que aboga por la intervención del estado y después la teoría de la preferencia revelada de Samuelson. Herbert Simon en la década de 1940 concluyó que las limitaciones cognitivas y la falta de formación hacen que las personas tengan racionalidad limitada, demostrando que no es posible predecir el comportamiento humano por medio de modelos abstractos basados en la racionalidad. En 1953 Milton Friedman sostiene que no es necesario que los supuestos de partida sean correctos, pues lo importante es que tengan poder de predicción, saltándose el hecho sobradamente comprobado de que los agentes no son racionales. Debido a que las personas no siempre son racionales surgió la economía conductual combinando economía con psicología. Economistas como Gerd Gigerenzer y los psicólogos Daniel Kahneman y Amos Tversky demostraron que las personas emplean "atajos mentales" -caminos cortos que utiliza el cerebro de forma automática y sin esfuerzos cognitivos-, para simplificar la toma de decisiones. En 1979 estos últimos plantearon la teoría de las perspectivas, estableciendo que las personas normalmente deciden considerando un punto de referencia, no son totalmente racionales y tienen en cuenta no solo la utilidad esperada, sino también las opciones que generan menos posibilidad de pérdidas. Posteriormente Richar H. Thaler contribuyó a integrar la economía y la psicología, explorando cómo las limitaciones en el raciocinio, las preferencias sociales y la falta de autocontrol afectan a las decisiones individuales y a las tendencias en el mercado. Últimamente se ha desarrollado una economía que mediante experimentos controlados comprueba proposiciones económicas con el fin de encontrar las reglas que influyen en el desarrollo de los mercados. A finales del pasado siglo y principios del actual la economía, la psicología y la neurociencia han ido uniendo fuerzas para crear un nuevo campo de estudio dedicado a la toma de decisiones económicas llamado neuroeconomía. Aunque en los últimos años se han publicado diversos estudios en neuroeconomía, sus resultados todavía generan escepticismo porque las herramientas disponibles para estudiar la complejidad del cerebro todavía no permiten análisis precisos y porque los experimentos se tienen que hacer en laboratorio con lo que sus conclusiones deben ser tomadas con cautela.

A raíz de la gran crisis económica iniciada en 2008 la economía ha comenzado a recibir múltiples reproches provenientes entre otros de los estudiantes, los investigadores y los docentes, produciéndose cierta autocrítica. Se ha reprobado el uso de modelos matemáticos sobre mercados perfectos, considerar mercados financieros simplistas, la hipótesis de mercados eficientes y la de expectativas razonables. Algunas de estas críticas han fomentado los últimos desarrollos de esta disciplina citados anteriormente.