El convento de Santa Clara de Asís encierra una historia con algunos sobresaltos desde su fundación en 1547. Ahí comienza su historia, aunque la iglesia y el convento terminaron de construirse en 1578. "(...) El 3 de junio de 1544, Alonso de Lugo, hijo del conquistador Bartolomé Benítez, había otorgado testamento en La Orotava, antes de embarcar para España; y por él dejaba una cantidad de 2.000 doblas de oro para la fundación de un convento de monjas en la ciudad", se recoge en La Laguna: guía histórica y monumental, el catálogo minucioso que Alejandro Cioranescu realizó de Aguere y sus barrios. "El testador falleció a los pocos meses, estando en Sevilla. El 11 de septiembre de 1545, el Cabildo daba poder para cobrar su herencia; y el día 25 del mismo mes y año concertaba con los dos hermanos del fallecido, Francisco Benítez de Lugo y Diego Benítez Suazo, las condiciones de la fundación", se añade a continuación.

El primer y gran contratiempo para este edificio llegó el 2 de junio de 1697. Un incendio destruyó aquella noche casi la totalidad del edificio conventual: "Solo se pudo salvar la parte que daba a la calle del Agua, en donde estaban los locutorios y las oficinas", expone Cioranescu. "La comunidad se alojó provisionalmente en el convento de Santa Catalina; pero volvieron desde el mes de septiembre a su antigua casa, que se iba reconstruyendo rápidamente (...)", prosigue. Aunque a una escala menor, en la historia reciente existe otro capítulo amargo. Si el museo abrió sus puertas en mayo de 2013, un temporal en diciembre del mismo año ocasionó desperfectos que obligaron, incluso, al cierre del espacio expositivo. La reapertura llegó en julio de 2014, y con la buena noticia añadida de que se aumentó la propuesta museística de tres a siete salas.