Rubén Baraja no ha estado sujeto a un único sistema de juego. El ejemplo más claro está en su paso por el Sporting, equipo en el que empezó sentando las bases sobre un 1-4-4-2, modelo que luego fue retocando sin perder la referencia de la línea de retaguardia con cuatro defensas. En determinados encuentros introdujo la variante de dos volantes, tres mediapuntas y un único delantero, y en otros eligió el 1-4-3-3. Su fútbol consiste en la búsqueda del equilibrio, la consistencia en el centro del campo y la velocidad en las acciones ofensivas, es decir, la fórmula más utilizada en Segunda.