Durante esta década como fiscal jefe de la Audiencia Nacional, Javier Zaragoza ha sido testigo en primera línea del final de los atentados de ETA, lo que le llevó a dirigir la lucha contra la banda hacia otro fenómeno, el enaltecimiento del terrorismo, a la vez que afrontaba el auge del yihadismo.

Si bien el cese de ETA en 2011 no implicó dejar de combatir a la banda, poco a poco, las operaciones y los juicios a miembros de la banda fueron disminuyendo, a la vez que aumentaban los casos de corrupción, que le fueron encomendados a la Fiscalía especializada en combatirla.

Ante esa situación, surgieron voces cuestionando la necesidad de mantener la Fiscalía de la Audiencia Nacional, hasta que el auge del fenómeno yihadista aplacó en cierto modo esa corriente de opinión.

Se convirtió entonces en fundamental una Fiscalía con gran experiencia en asuntos de terrorismo, que a la vez, ya sin atentados de ETA, había incrementado notablemente sus acciones contra otras manifestaciones colaterales al terrorismo como el enaltecimiento y la humillación a las víctimas.

Y es que el fantasma de la banda terrorista y la opresión que ha ejercido su entorno sigue planeando aún hoy. Así lo entendió Zaragoza al tratar de esclarecer la agresión a dos guardias civiles y sus parejas en Alsasua (Navarra). No dudó en calificar los hechos de terrorismo y por ese delito acabarán siendo juzgados próximamente los nueve jóvenes procesados por participar en esos hechos.

Las alabanzas a ETA o la humillación a sus víctimas han sido además estos últimos años el caballo de batalla de esta Fiscalía. Entre los casos más sonados, el del concejal de Ahora Madrid Guillermo Zapata, si bien luego Zaragoza le retiró la acusación, o el líder de Def con Dos César Strawberry. O el más reciente, el del rapero Valtonyc, condenado a tres años y medio de cárcel por ese delito, sumados a otros como injurias al Rey o amenazas.

En esta lucha, fue también polémica su decisión de pedir prisión por ese mismo delito y otro de incitación al odio a los dos titiriteros que representaron en la últimas fiestas de Carnaval de Madrid que mostraron una pancarta con la leyenda "Gora Alka-ETA".

También ha combatido desde esta Fiscalía el secesionismo catalán, pidiendo imputar a ediles de la CUP por apoyar la declaración independentista del Parlament o pidiendo investigar la pitada al himno en el Camp Nou en una final de la Copa del Rey entre el Barça y el Athletic Club de Bilbao como delito de injurias al Rey y a los símbolos de España.

A su llegada en 2005, en sustitución de Eduardo Fungairiño, el principal asunto que tuvo que encarar fue dirigir la acción de la Fiscalía en la instrucción de los atentados del 11 de marzo de 2004 mientras defensores de las teorías de la conspiración cuestionaban constantemente todos los elementos de la investigación, empezando por la naturaleza del propio explosivo empleado por los terroristas.

"No hay nada más hermoso que buscar la verdad, pero no hay nada más indigno que buscar la mentira y tratar que esa mentira se convierta en la verdad", destacó Zaragoza, parafraseando a Cicerón, durante la exposición del informe final de la Fiscalía en el juicio del 11-M, cuya sentencia finalmente acogió en gran parte sus tesis.

La mayor parte de su trayectoria profesional está ligada a la Fiscalía Antidroga desde donde, antes de ser llamado a dirigirla entre 2004 y 2005, ejerció personalmente la acusación contra los narcotraficantes de grandes procesos como el de la Operación Nécora, el clan de los Charlines, Sito Miñanco o Laureano Oubiña.

Su ingreso en la Carrera Fiscal se remonta a 1982, y empezó con plazas en juzgados de Guipúzcoa y Madrid. Entre estos destinos destaca su nombramiento como juez unipersonal de menores de San Sebastián (Guipúzcoa) y como teniente fiscal de la Fiscalía Especial Antidroga en 1988.

Su labor profesional al frente de la Fiscalía Antidroga le supuso que el abogado y narcotraficante Pablo Vioque encargase su asesinato desde la cárcel donde estaba internado.

La conspiración fue desmontada por la policía y Vioque condenado a 7 años y 6 meses por un delito de "proposición al asesinato", pena que se sumó a otras por narcotráfico.

Ha sido galardonado con las cruces de primera clase, segunda y de honor de la Orden de San Raimundo de Peñafort, la cruz al mérito policial con distintivo rojo y la medalla de oro del Plan Nacional sobre Drogas (colectiva a toda la Fiscalía Antidroga). Además, ha recibido el premio Solidaridad Nacional, concedido por la Asociación Erguete de Lucha contra la Droga.

El 24 de abril de 2008 recibió las insignias de Caballero de la Legión de Honor de manos de la ministra francesa de Justicia, Rachida Dati.