Dado que el farmacéutico no es un mero vendedor de medicamentos, sino que asume una responsabilidad como parte implicada de un proceso médico, el Código de Ética y Deontología de la profesión farmacéutica, aprobado el 14 de diciembre de 2000 por la Asamblea de Colegios, recoge el derecho de la objeción de conciencia en su artículo 28, donde dice textualmente: "La responsabilidad y libertad personal del farmacéutico le faculta para ejercer su derecho a la objeción de conciencia respetando la libertad y el derecho a la vida y a la salud del paciente". Además, en el artículo 33 prevé la protección de los objetores por parte de los colegios: el farmacéutico podrá comunicar al Colegio de Farmacéuticos su condición de objetor de conciencia a los efectos que considere procedentes. El Colegio le prestará el asesoramiento y la ayuda necesaria. Sin embargo, en el caso de que se presente una receta, este derecho es difícilmente aplicable, ya que el criterio del médico prevalece sobre el del farmacéutico. Por tanto, si alguna comunidad amenaza a los farmacéuticos objetores con sanciones, podrían éstos acogerse al Tribunal Constitucional, por tratarse de un atentado contra la libertad de conciencia, que es uno de los derechos fundamentales de la Constitución Española.
